El 21 de abril de 1994, mediante el Acuerdo 2823 del Comité Ejecutivo del Consejo de Ministros, se creó el Ministerio de Ciencia, Tecnología y Medio Ambiente (CITMA). Subordinada a este Ministerio quedó conformada la Agencia de Energía Nuclear (AEN), con el objetivo fundamental de contribuir al más amplio uso de esa fuente de energía, tanto en el campo de la generación de electricidad como en la aplicación de las técnicas nucleares. La Agencia de Energía Nuclear asumía entonces parte importante de las funciones que hasta ese momento habían ejecutado la Comisión de Energía Atómica de Cuba y la Secretaría Ejecutiva para Asuntos Nucleares.
En noviembre de 2001 la AEN pasó a denominarse AGENCIA DE ENERGÍA NUCLEAR Y TECNOLOGÍAS DE AVANZADA (AENTA) y fueron ampliadas las funciones que desempeñaba, así como los centros que la integran.
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